La Academia de Cine de Andalucía tiene, por su naturaleza asociativa, unos órganos de gobierno que marcan formalmente su funcionamiento.

La Asamblea General es el órgano máximo de la Academia, que está integrada por todas las personas asociadas y que se reúne de forma ordinaria una vez al año. A veces, también puede reunirse de forma extraordinaria siempre que la Junta Directiva, la Presidencia o una tercera parte de los/las miembros lo requiera. En ellas se deliberan y deciden las principales cuestiones de la Academia, relacionadas con sus fines.

El órgano ejecutivo de la Academia es la Junta Directiva, encabezada por la persona que ostente la Presidencia. Es elegida por períodos de tres años y está formada por académicos/as profesionales de las distintas especialidades y se reúne mensualmente para deliberar y decidir sobre las cuestiones relacionadas con la marcha de la entidad. Informa de sus gestiones y actividades, periódicamente, a la Asamblea General.

Internamente, para agilizar su funcionamiento y el estudio de cuestiones concretas, la Academia tiene constituidas varias Comisiones de Trabajo que se ocupan de asuntos específicos como son la admisión de nuevos/as miembros, las actividades en festivales, la gala de los Premios Carmen o la comunicación institucional. Sus deliberaciones y propuestas son llevadas a la Junta Directiva para ser sometidas a votación.

También la Academia, a través de las vocalías de las distintas especialidades, todas presentes en la Junta Directiva, celebra reuniones con los/las profesionales de las distintas áreas de trabajo para propiciar el intercambio de opiniones, recibir propuestas, etc.